Añadiendo un poco más a las respuestas anteriores …
Depende de la proteína y del uso final.
Es probable que la cromatografía se utilice con mayor frecuencia para la mayor pureza (uso farmacéutico y de investigación). Estas columnas son bastante épicas (varios litros) en comparación con las pequeñas utilizadas para la purificación a pequeña escala (unos pocos ml).
Los métodos más tradicionales o de menor pureza podrían implicar el uso de precipitación de solvente y centrifugación. Estos tienden a ser opciones más baratas, y lo más probable es que se usen en los casos de ingredientes para cocinar o para proteínas que son simplemente tolerantes.
A nivel industrial, los ingenieros de proceso se especializan en este tipo de cosas, construyen procesos a gran escala que satisfacen las necesidades de calidad y pureza para la venta al usuario final, a la vez que minimizan los gastos o el procesamiento complicado.