Mayor contrapresión. La contrapresión es inversamente proporcional al cuadrado del tamaño de partícula.
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Las bombas HPLC tienen un límite máximo de presión de funcionamiento. Cuando se usan partículas muy pequeñas, esta presión puede excederse requiriendo el ajuste de otros parámetros en la ecuación. Típicamente, la temperatura se incrementa (reduciendo la viscosidad), o se reduce el flujo o la longitud de la columna, lo que tiene el efecto de aumentar el tiempo de la columna y reducir la resolución, respectivamente.
El otro problema es el costo. El empaque de 3 um es aproximadamente un 25% más caro que el empaque de 5 um
[1] Consideraciones de presión de columna en HPLC analítica