¿La energía de desolvatación de un residuo de proteína / aminoácido determina si es más hidrofóbica o hidrofílica?

Aminoácidos: Sí, las energías de desolvatación, obtenidas de las interfaces agua-aceite se pueden usar para distinguir entre residuos hidrofílicos e hidrofóbicos. La energía libre de desolvatación surge del efecto hidrofóbico, y se puede usar como una medida (aunque…
¿Por qué es importante el parámetro de orden de los lípidos en la bicapa?

Resumen: El parámetro de orden es una medida sensible de la orientación estructural o la flexibilidad de los lípidos en una bicapa, en otras palabras, se puede vincular a la entropía configuracional. Las bicapas lipídicas son extremadamente flexibles…
¿Es posible predecir computacionalmente las interacciones proteína-proteína a escala genómica amplia?

Hay dos formas de hacer predicciones: (1) Usar simulaciones atomísticas para simular las interacciones proteína-proteína. En teoría, esto puede proporcionar una gran precisión, pero es muy lento y depende de campos de fuerza precisos para aproximar los efectos…
¿Las personas que utilizan los programas de difracción de rayos X para predecir la estructura de una proteína en función de su patrón de difracción a menudo lo tratan como una caja negra?

A menudo, sí. Por lo general, eso también está bien: el software se ha desarrollado enormemente, y es una historia de éxito de la informática científica el hecho de que algo tan escandalosamente complicado * funciona con los…
¿El beta-amiloide promueve la hiperfosforilación de la proteína tau? ¿Si es así, cómo?

Creo que es más probable que la hiperfosforilación de la proteína tau promueva beta amiloide. La secuencia de tiempo lo sugiere. Los ovillos de proteína Tau son una manifestación a medio plazo de la enfermedad de Alzheimer, y…
¿Cómo el mayor contenido de GC induce una estructura secundaria en ácidos nucleicos?

Me voy a centrar en la estructura secundaria del ADN. Con suerte, alguien más familiarizado con RNA puede escribir una publicación. Primero, una pequeña digresión: Según lo sugerido por Adriana Heguy, las secuencias ricas en GC son más…
¿Se puede usar la difracción de electrones para predecir la estructura de una proteína?

Tal vez, si los cristales son lo suficientemente delgados … La idea se ha revertido durante 20-30 años, pero tradicionalmente se ha limitado a los cristales en 2D. Gonen y compañeros de trabajo en Janelia Farm están presionando…
¿Cómo funciona el BBBD (disrupción de la barrera hematoencefálica)?

Qué interesante, acabo de publicar un artículo de revisión sobre este tema. Existen algunos métodos ( un breve resumen. Para una descripción completa, que incluya fisiología normal, mecanismos de acción, ventajas / desventajas y datos de ensayos clínicos,…
¿Hay una mayor fluidez de la membrana asociada con una mayor permeabilidad de la membrana?

Principalmente. La fluidez se define como la inversa de la viscosidad que se correlaciona estrechamente con el orden de la cadena lipídica en las membranas. La disminución del orden en las cadenas de lípidos significa que se están…
¿Existen métodos confiables para predecir la posible simetría / simetría de cristalización de las proteínas?

“Lo que ocurre con más frecuencia, ocurrirá más a menudo”. Estadísticamente, la mayoría de las proteínas cristalizarán en una red ortorrómbica. Específicamente en un grupo de espacio P212121. Hasta donde yo sé, no hay forma de predecir la…