¿Por qué el cloruro de guanidinio es tan bueno para desnaturalizar proteínas?

La desnaturalización de las proteínas resulta de la interacción preferencial, lo que significa que las moléculas desnaturalizantes tienen una interacción atractiva con la superficie de la proteína. Como resultado, habrá una ganancia de energía libre si se expone…
¿Qué es un Metabolon y qué hace?

Los metabolones son complejos supramoleculares multienzimáticos que catalizan una serie de reacciones múltiples por etapas . La bioquímica de algunas rutas metabólicas es bien conocida y caracterizada, sin embargo, la organización espacial de las vías o cómo se…
¿Qué métodos se utilizan para determinar si una proteína sufre un cambio conformacional en determinadas circunstancias?

La respuesta a su pregunta casi describe qué tipo de describe lo que una gran parte de los bioquímicos / biofísicos hacen para ganarse la vida. La respuesta a su pregunta es muy amplia y trataré de cubrir…
¿Cuán computacionalmente costoso es predecir las interacciones de acoplamiento proteína-proteína, en relación con la predicción de la estructura de la proteína?

Proteínas plegables de los primeros principios: Meses y generalmente no tiene éxito excepto por las proteínas más pequeñas [1] Predicción de la estructura de la proteína usando estructuras previas en el PDB: 8 horas (ITASSER) Atraque de proteínas…
¿Cuán reproducibles son las estructuras cristalinas de rayos X de las proteínas?

En el contexto de otros ensayos bioquímicos, las estructuras son extremadamente reproducibles. Las proteínas son moléculas fundamentalmente dinámicas. La cristalografía, como todas las demás técnicas de biología estructural, es un método de promediado. La estructura es un promedio…
¿Qué tan únicos deben ser los aminoácidos responsables del sitio de unión de una molécula?

Tengo una historia para compartir, esto no es específico de F1,6BP, pero pensé que podría arrojar algo de luz sobre (a) el funcionamiento de las enzimas y (b) la elegancia de las moléculas de proteínas. A principios de…
¿Los anticuerpos purificados son fáciles de obtener estructuras cristalinas?

Los anticuerpos enteros son notoriamente difíciles de eliminar las estructuras cristalinas. Esto se debe a la flexibilidad inherente de la región bisagra del anticuerpo que le permite unirse a su objetivo durante la respuesta inmune adaptativa. Los fragmentos…
¿De qué manera la acetilación de las lisinas en las colas N-terminales de las histonas afecta realmente qué tan accesible es el ADN a la polimerasa?

No hay diferencia causada por la acetilación de una lisina específica. La acetilación se correlaciona de manera universal con el aumento de la actividad genética, por dos razones: 1. Neutraliza la carga positiva sobre las lisinas (K) y…
¿Qué características de una proteína permiten cristalizar?

Hay muchos factores diferentes que determinan qué tan bien puede cristalizar una proteína purificada. Lo más importante es, obviamente, qué tan bien doblada está la proteína; un mayor grado de estructuras secundarias ordenadas son propicias para formar cristales,…
¿Por qué es tan difícil encontrar la estructura de las proteínas transmembrana?

Como sugiere Richard Greifzu, existen múltiples problemas asociados con casi todos los pasos de la purificación y cristalización de las proteínas de membrana. Sistema de expresión: Antes que nada, necesitas identificar un buen sistema de expresión para tu…