Además de la cristalografía de rayos X, ¿cuáles son algunas formas de detectar la unión entre una molécula pequeña y una proteína, y formas de medir la afinidad de unión?

Para energéticos detallados en un pequeño conjunto de moléculas, la calorimetría isotérmica (da Kd, estequiometría, dH, dS). Para seleccionar un gran conjunto de moléculas, interferometría bioloayer (tecnología ForteBio :: BLI) (proporciona tasas aproximadas de encendido / apagado) También…
¿Hay proteínas que tengan contenido de estructura secundaria (hélices y láminas) pero ninguna estructura terciaria?

No lo creo. Las estructuras secundarias son conformaciones estructurales locales que dependen del enlace de hidrógeno, mientras que la forma general tridimensional de una molécula de proteína completa es la estructura terciaria. Es solo formas diferentes de representación.…
¿Cuál es la diferencia entre Pfam y PROSITE?

Al alinear secuencias de proteínas, a menudo es evidente que ciertas regiones o aminoácidos específicos están más conservados que otros. Dichas regiones conservadas a menudo se conservan porque codifican una parte de la proteína que es funcionalmente importante.…
Cuando la cristalografía de rayos X no proporciona la estructura completa de una proteína, ¿cómo se determinan los residuos restantes?

Depende del caso No estoy seguro de haber entendido correctamente la pregunta, pero supongo que está tratando con un archivo PDB (¿cuál podría indicar el código en su pregunta?) Con un montón de átomos faltantes. Esto pasa. Como…
¿Qué es el intercambio de dominios 3D en proteínas oligoméricas?

Herschel Watkins dio una buena respuesta, pero una imagen puede ayudar. Tenga en cuenta que el “dominio” en “intercambio de dominio” se usa de forma diferente a la definición normal (unidad de proteína de crecimiento evolutivo y de…
¿Qué proteína tiene la estructura terciaria más interesante o más extraña?

Es posible diseñar proteínas artificiales con algunas estructuras interesantes. Aquí hay uno en forma de cubo: http://www.nature.com/nchem/jour… Las bóvedas de proteínas tienen una estructura en forma de campana inusual. La bóveda está formada por dos subunidades en forma…
¿Cómo se estabilizan las estructuras de la hélice alfa de las proteínas?

La hélice alfa es una estructura tipo varilla. Una columna vertebral fuertemente enrollada forma la parte interna de la varilla y la cadena lateral se extiende hacia afuera de forma helicoidal. La hélice alfa se estabiliza mediante enlaces…
¿Las hélices alfa se degradan de forma diferente a las hojas beta?

Las hélices alfa y las hojas beta difieren en sus ángulos diedros principales: son dos conformaciones diferentes de, en última instancia, las mismas sustancias químicas. Los sitios activos de las proteasas, las enzimas que degradan las proteínas, actúan…
¿Qué proteínas tienen el mayor número de hélices alfa?

¿Las proteínas totales con estructura cuaternaria cuentan? ¿Qué pasa con algo que podría tener hélices realmente largas y de extremo a extremo como ApoA I? La hemoglobina probablemente esté en segundo lugar y los transportadores ABC probablemente estén…
¿Cuál es una estimación razonable para el intercambio de hidrógeno en experimentos de dispersión de neutrones para proteínas de membrana en 100% D2O?

Depende de los detalles de tu experimento. El intercambio de hidrógeno generalmente se mide a través de un experimento de pulso-persecución donde la proteína se etiqueta en el medio D20 durante un período de tiempo específico antes de…