Hay una gran cantidad de ejemplos, pero afortunadamente un buen número de delincuentes reincidentes son conocidos por los equipos de descubrimiento de drogas.
El dicho común en el descubrimiento de fármacos es que obtienes lo que seleccionas . En los últimos 20 años de Screening de alto rendimiento, los grupos de descubrimiento de fármacos han descubierto rápidamente que si utiliza una pantalla basada en afinidad, hay varios compuestos que se reproducirán reproduciblemente como un “golpe”. La buena noticia es que los especialistas de HTS han solucionado rápidamente estos compuestos y han creado una larga y amplia lista de compuestos que son famosos por dar “actividad”.
En la evolución de proteínas, esto también es una ocurrencia común. El consejo común es tirar su mejor “golpe” ya que es probable que se trate de una interacción fuera del objetivo.
Los falsos positivos más comunes tienden a ser nucleófilos reactivos que incluyen haluros, aldehídos, iminas, epóxidos, ésteres y heteroátomos-heteroátomos. Estos compuestos tenderán a formar enlaces covalentes con su objetivo u otros componentes de su ensayo [1]
Una lista abreviada de los grupos funcionales responsables de los falsos positivos reactivos a las proteínas electrofílicas: 
Desafortunadamente, este tipo de grupos funcionales también tienden a tener atributos medicinales únicos, por lo que será el químico quien decida si debe seguir estos pasos.
¿Cuán reproducibles son las estructuras cristalinas de rayos X de las proteínas?
¿Por qué algunas enzimas exhiben una cinética más rápida que la difusión?
¿Qué tan únicos deben ser los aminoácidos responsables del sitio de unión de una molécula?
También hay una buena lista de “bateadores frecuentes” [3] 
Otros compuestos que son infames por producir “hits” serán los agregadores de proteínas. Como la mayoría de los compuestos tipo fármaco tienden a ser ligeramente lipofílicos, esto es de esperar. Para evitar esto, a menudo es aconsejable ejecutar pantallas in vitro en presencia de surfactantes.
Sabiendo todo esto, las instalaciones de HTS a menudo harán REOS ( eliminación rápida de desechos ) para eliminar los impactos indeseables y compuestos potencialmente tóxicos de su pantalla.
Para aquellos interesados en la detección basada en fragmentos o HTS, sugeriría seguir Fragmentos prácticos que dirige Daniel Erlanson, que era parte de Sunesis y también escribió Enfoques basados en fragmentos en Drug Discovery. También vale la pena echarle un vistazo a la presentación de Chris Lipinski (que quizás sepa algo sobre las drogas) en el Louvain Drug Research Institute.
[1] Compuestos reactivos y falsos positivos in vitro en HTS
[2] Nonleadlikeness y leadlikeness en la detección bioquímica
[3] Desarrollo de un método de detección virtual para ide … [J Med Chem. 2002]
