Claro, si tiene sentido.
Una coordenada de reacción debería ayudar a distinguir entre estados, por lo que si hay un cambio en RMSD en la unión del ligando, se puede concluir que la unión del ligando causa un cambio estructural global. Pero eso es todo.
Ahora, si el cambio en RMSD va acompañado de un cambio en el contenido de la estructura secundaria, puede hacer un mapa en 2D para distinguir claramente dos estados.
Según mi opinión, no hay forma de conocer las mejores coordenadas de reacción para describir un proceso. Solo tienes que usar tu intuición y probar tantas como puedas, antes de encontrar las correctas que tengan sentido y ayudarte a construir una historia.
Los pros y los contras no son universales, depende del sistema. Lo que podría funcionar para un sistema, podría no para otro.
