El análisis del balance de flujo para modelar el metabolismo utiliza un enfoque de optimización restringido para obtener los flujos de reacción en una red metabólica e investigar cómo se manifiestan las perturbaciones en el nivel de la red. Sin embargo, el método adolece de algunas desventajas:
- La información de señalización y regulación no está incorporada en la formulación del problema de optimización, especialmente en las formas básicas de FBA. Sin embargo, otros métodos como rFBA (Regulatory FBA) y PROM (Probabilistic Regulation of Metabolism) que apuntan a incorporar información regulatoria durante la formulación.
- Las predicciones del modelo pueden no coincidir con los resultados experimentales, a modo de predicción de crecimiento cuando los resultados experimentales indican que no hay crecimiento y viceversa. Esto se debe a la información incorrecta e incompleta presente en el modelo metabólico utilizado. (Un método es tan bueno como el modelo al que se aplica).
- Algunos de los flujos de reacción obtenidos pueden no ser termodinámicamente factibles y se deben incorporar restricciones termodinámicas adicionales que faltan en la forma básica de FBA.
- El problema de optimización se rige por la elección de la función objetivo, que en la mayoría de los casos es la producción de biomasa y el mantenimiento asociado con ATP. Sin embargo, estos pueden no ser los mejores candidatos cuando se usa FBA para el análisis de perturbaciones, como deleciones de genes y reacciones. Otras funciones objetivas como MoMA (Minimización del ajuste metabólico) y ROOM (Minimización reglamentaria activada).
- Los flujos de reacción obtenidos pueden no ser las únicas soluciones candidatas para el problema de optimización.
