Los geles de poliacrilamida son una red de polímeros con poros demasiado pequeños para que los complejos proteicos intactos los atraviesen, por lo que se utilizan principalmente para cadenas cortas de ADN (como cebadores de PCR) y proteínas en el detergente, lo que altera su estructura.
La agarosa también forma una estructura similar a una esponja, pero los poros que la atraviesan son mucho más grandes que los poros de la acrilamida. En consecuencia, se usa para separar moléculas más grandes, como el ADN, y complejos de proteínas intactos.
