Hay formas en que podríamos eliminar razonablemente muchos aminoácidos de origen biológico como candidatos para los ingredientes de la traducción a polipéptidos. Puede que no encajen fácilmente en un polipéptido completo que sea bastante compacto en la estructura terciaria. Es posible que no encajen bien en el complejo biosintético asociado a los ribosomas durante la elongación. Es posible que no puedan formar péptidos fácilmente.
Hay algunos aminoácidos que pueden satisfacer uno de estos criterios y no otro. La evidencia de eso son los residuos que existen en los polipéptidos biológicos solo a fuerza de una modificación postraduccional. Así que encajan bien en el producto terminado, pero o bien algo sobre ellos hace que la biosíntesis con ellos no sea factible o por alguna razón que haya sido codificado en el código genético ha sido seleccionado. Sabemos que podemos modificar sintéticamente tRNA o hacer que sus aminoacil sintetasas acepten aminoácidos divertidos y, a menudo, los incorporen in vivo o in vitro en polipéptidos biosintéticos.
Es interesante que todos los aminoácidos codificados sean ácidos alfa-aminocarboxílicos, todos tienen al menos un átomo de H en su carbono alfa, y todos tienen una L-quiralidad en ese carbono. Ninguno de estos detalles es meramente casual. Es notable que solo unos pocos organismos excepcionales usan incluso algunas pequeñas variaciones en el conjunto de aminoácidos o en cómo están codificados. La presencia de algunos oligopéptidos biológicos con D-aminoácidos o beta-aminoácidos muestra que es algo sobre la estructura terciaria de los polipéptidos que se está limitando allí. La ausencia de ácidos aminosulfónicos que forman sulfonamidas en lugar de los enlaces peptídicos habituales de la cadena principal puede ser una función tanto de la síntesis como de la estructura final. No hay problema con la amidación postraduccional con grupos carboxilo que están separados por varios carbonos de la amina en sus propios residuos de aminoácidos, por lo que la ausencia de aminoácidos beta o gamma en la cadena principal debe ser una función del alargamiento.
