Las diferencias entre los ISRS surgen de la potencia y la actividad farmacológica secundaria, porque, a pesar de ser selectivo en comparación con otras clases de antidepresivos, muchos de ellos todavía tienen efectos significativos sobre otros receptores. Los que son muy selectivos y potentes, como el citalopram, tienden a activarse, lo que puede mejorar la energía o provocar inquietud y ansiedad. Los otros podrían ser más sedantes, lo que puede mejorar el insomnio. Pero estas no son reglas estrictas, ya que ambos extremos se pueden observar con cualquiera de estos medicamentos.
Cuando los ISRS no mejoran los síntomas, mejoran parcialmente o los efectos secundarios se vuelven problemáticos, el siguiente paso es cambiar el medicamento o aumentarlo con otras drogas. Se recomienda cambiar a una clase de antidepresivos completamente diferente (SNRI, NaSSA, NDRI, TCA, IMAO, etc.) si los ISRS fallan, especialmente si uno ya ha probado dos ISRS diferentes durante el tiempo suficiente y en dosis suficientemente altas. El aumento implica agregar otro antidepresivo con una acción complementaria (p. Ej., Bupropión) o agregar medicamentos que no son adecuados como monoterapias (como los antipsicóticos atípicos). Desafortunadamente, la resistencia al tratamiento es muy común y esta respuesta apenas araña la superficie, pero debería proporcionarle una idea del proceso general.