Típicamente, se usa cromatografía. Esta técnica utiliza un tubo largo y delgado lleno de un material de relleno a través del cual fluyen gases o fluidos. Cuando se inyecta una “muestra” en un extremo, comienza a fluir a través del tubo. Cada estructura química diferente en la muestra fluye a una velocidad única, basada en sus interacciones sutiles con el material de empaque. Esto separa las sustancias y permite que se midan como emergen del otro extremo del tubo. Esto le da “picos”, que si la columna es lo suficientemente larga y el empaque ideal, no se superponga. Se puede mezclar un “estándar” (o más de uno) con la muestra para obtener un pico de referencia, para medir las separaciones de tiempo de las diferentes estructuras químicas. O los químicos emergentes pueden pasar por un espectrómetro de masas para medir sus masas. Esta última técnica es el estado de la técnica para sistemas de cromatografía porque da dos “huellas dactilares” diferentes para cada químico y puede incluso decirle que un pico emergente tiene más de un químico y en realidad dos o tres picos emergen uno encima del otro .
Esto es bueno para identificar vitaminas (y toxinas orgánicas), y no tan ideal para medir minerales (y metales pesados). Pero estos pueden medirse, por ejemplo, bombardeándolos con electrones de alta energía y midiendo la frecuencia de los rayos X (fotones) que emiten. La mayoría de los elementos tienen al menos una frecuencia única de rayos X que emiten.
Si se pregunta cómo los científicos miden qué sustancias químicas en los alimentos son vitaminas (o nutrientes esenciales), tienen que determinar que existe un estado de “deficiencia” al retirar el producto químico en cuestión, y que la restauración del nutriente resuelve el estado de deficiencia. Esto puede sonar fácil, pero no lo es. A veces, los nutrientes son tan abundantes en tantos alimentos que es extremadamente difícil inducir una deficiencia. Por ejemplo, arsénico. Hay tanto arsénico en el mundo que deshacerse de él es un desafío de orden extremo. Otras veces, el intento de inducir una deficiencia de una cosa induce una deficiencia de otra cosa. Esto puede haber sucedido con los ácidos grasos “esenciales”, que tienen un perfil de deficiencia casi idéntico a la vitamina B6. Cuando se observan signos y síntomas de deficiencia idénticos, el estándar científico es ver si la vitamina ya conocida corrige la supuesta deficiencia del nuevo químico de la vitamina prospectiva.