¿Las hélices alfa de una proteína interactúan con sus hojas beta?

Como dijo Giridhar Sekar, es difícil en general establecer si las hélices alfa de una proteína interactúan o no con sus hojas beta.

Sin embargo, hay muchos ejemplos en los que lo hacen. Estas son algunas de las estructuras más impresionantes que pude encontrar:

Abrazaderas de ADN:

Subunidad beta de la DNA polimerasa III (PDB: 3BEP). Alpha-hélices en rojo, y hojas beta en amarillo. ADN en el centro. Tenga en cuenta la gran hoja de bucle de la derecha, está tratando de emular una banda de Mobius.

Repeticiones ricas en leucina:

Inhibidor de ribonucleasa (PDB: 1Z7X). Este es en realidad un dímero. Observe las hojas beta largas en el fondo en la imagen de la derecha? Ahí es donde los dos monómeros se dimerizan.

Barriles TIM:

Triosa fosfato isomerasa (PDB: 8TIM). Aunque parecen simplistas, los barriles TIM son uno de los pliegues de proteínas más comunes.

Prismas alfa / beta:

Enzima biosintética de la pared celular bacteriana MurA (PDB: 3KR6). Éste es el inverso de un barril TIM, con láminas beta (casi) rodeando algunas hélices alfa.

Barril alfa + beta:

El complejo de la membrana externa TolC trimérico (PDB: 1TQQ). Estoy engañando un poco sobre esto porque tiene solo una interfaz alpha beta muy pequeña, pero vamos, míralo, es maravilloso.

Esos son todo lo que puedo encontrar en este momento que tienen interacciones alfa / beta (y parecen sofisticadas). Agregaré más cuando me tropiece con ellos.

Las estructuras de proteínas son bonitas <3 <3 <3

TL DR; Sí.
Este tipo de generalizaciones radicales son difíciles de abordar. Algunas proteínas (de membrana) son haces helicoidales. Ellos solo tienen hélices. Algunas otras proteínas tienen predominantemente hoja beta. Hay algunas proteínas que tienen ambos. La interfaz de la hélice alfa y la hoja beta pueden tener o no interacciones relevantes. Es difícil hacer una generalización. Sin embargo, te dejaré con la imagen de la estructura cristalina de una proteína con la que he trabajado que te dará una impresión muy duradera.

La figura muestra un dominio de una proteína llamada NalP, donde se encuentra una hélice alfa dentro de un “barril beta”. Se ha sugerido que existen muchas interacciones electrostáticas y enlaces de hidrógeno entre los residuos del barril beta y la hélice situada en el centro.