¿Cuál es la diferencia entre los lípidos que se disuelven en el agua (que actúa para ordenar el agua y disminuir la entropía) y disolver el NaOH? ¿Los iones no ordenan el agua alrededor de ellos también (es decir, por qué la entropía aumenta en este caso?)

Es porque los lípidos no se ionizan y el NaOH sí lo hace. Cuando los lípidos se disuelven, forman psuedo-hidratos que ordenan moléculas de agua a su alrededor. Cuando el NaOH se disuelve, tomas 1 molécula y la conviertes en dos elementos ionizados. Cualquier reacción química que tenga más productos que reactivos aumenta la entropía (ya que ahora hay más partes en el sistema).