Primero, algunos detalles jugosos del mecanismo de precipitación de proteínas. Al igual que muchos otros factores precipitantes, el ácido tricloroacético (TCA) desnaturaliza las proteínas impulsando la agregación hidrofóbica .
TCA actúa principalmente a través de dos mecanismos:
- Deshidratación de las cáscaras de hidratación alrededor de la proteína . Estas son regiones estructuradas de agua que se forman alrededor de parches hidrofóbicos en la superficie de la proteína plegada. Las aguas en el caparazón son robadas en el caparazón de hidratación alrededor del precipitante, aumentando efectivamente el efecto hidrofóbico. Este mecanismo es común con otros agentes de precipitación, como el sulfato de amonio.
- Además, el TCA aniónico puede desencadenar el despliegue parcial de proteínas a través de la interrupción de las interacciones electrostáticas que determinan la estructura terciaria nativa de la proteína. Como resultado, el interior hidrofóbico normalmente bien escondido de la proteína queda expuesto al disolvente.
Ambos dan como resultado la coalescencia intermolecular de moléculas de proteína individuales en agregados más grandes, para minimizar la exposición de las regiones hidrofóbicas al disolvente. Si el agregado crece suficientemente grande, desplazará más agua y aumentará su densidad, formando un precipitado opaco.
¿Por qué se usa TCA?
El TCA es una buena opción para algunas precipitaciones, ya que puede usarse a concentraciones razonablemente bajas (~ 20%). Esto significa que el volumen puede mantenerse bajo y, por lo tanto, la concentración de proteína alta.
Se usa con frecuencia en la proteómica de células completas por esta razón, pero como funciona en parte al exponer las regiones hidrofóbicas interiores existentes al solvente, el TCA es menos efectivo para las proteínas desordenadas [1]. Esto podría tener serias implicaciones, ya que muchas proteínas pueden no precipitarse de forma efectiva a concentraciones más bajas de TCA.
¿Los electrolitos Mg, P, K se unen a proteínas como el Ca?
¿Cuál es el tipo más fuerte de enlace en las proteínas?
¿Qué es el aislado de proteína y cómo es diferente de la proteína de suero?
¿Cómo procesa una beta-secretasa (BACE1) los precursores de beta amiloide beta?
¿Por qué es importante que las proteínas tengan formas tan desordenadas?
Usamos TCA para nuestros ensayos funcionales (transporte de proteínas) ya que es bueno y barato y actúa muy rápidamente. Sin embargo, apesta algo podrido, por lo que la inhalación nasal debe evitarse a toda costa.
El TCA se utiliza con menos frecuencia para la purificación de proteínas ya que, a diferencia de otros precipitantes (como el sulfato de amonio), el paso de desnaturalización parcial significa que su proteína puede no volver a disolverse en la solución sin un detergente presente. Por lo tanto, si está utilizando la precipitación como método para purificar la proteína funcional, sería mejor que se quedara con sulfato de amonio.
