¿Cuál de los siguientes aminoácidos es más probable que se encuentre en la parte de la proteína que interactúa con el ADN, y que es menos probable que se encuentre: alanina, glutamina, ácido aspártico, lisina o serina?

Aminoácido – Wikipedia
Para que una proteína se una al ADN, debe haber menos fuerzas repelentes entre la cadena principal del ADN y los aminoácidos en las cercanías. La columna vertebral es rica en enlaces fosfodiéster, que son negativos en la carga (es por eso que, por ejemplo, durante la electroforesis, el ADN se desplaza hacia el electrodo positivo).
Por lo tanto, el aminoácido más probable que se encuentre es la lisina (un grupo NH2, un NH3 cargado positivamente (+)) y el menos probable es el ácido aspártico (grupos ácidos: COOH, COO (-)). La razón por la cual la arginina tiene más probabilidades de aparecer en tales estructuras que interactúan directamente con la cadena principal del ADN y no con la glutamina (dos grupos NH2) es porque la glutamina tiene un NH2 y un grupo amida y el oxígeno es electronegativo para “alejar los electrones” de el grupo NH2 lo hace menos básico.
Sin embargo, es importante recordar dos cosas:

1. Las estructuras de orden superior son cruciales para las interacciones proteína-ADN
2. Muchos aminoácidos de las proteínas de unión al ADN están de hecho modificados en organismos vivos para servir mejor al propósito de interactuar con el ADN

Principalmente depende de cómo la proteína interactúa con el ADN.

Lo más probable es que el aminoácido presente que interactúe con el ADN sea lisina debido a que es un aminoácido con carga positiva y el ADN tiene una cadena principal con carga negativa. El segundo lugar sería serina o glutamina porque son ambos polares y pueden interactuar con enlaces de hidrógeno a las bases nitrogenadas. El ácido aspártico también podría estar involucrado en la formación de enlaces de hidrógeno, pero solo a un pH bajo, ya que ambos grupos de ácidos carboxílicos necesitan ser protonados. La alanina tiene menos probabilidades de interactuar con la cadena principal del fosfato, pero aún podría interactuar con elementos hidrófobos en las bases nitrogenadas.