Supongamos que tiene la secuencia de ADN del dominio conservado que le gustaría modelar. El método más directo que puedo pensar es EXPLOTAR su secuencia en NCBI contra la base de datos PDB para ver si hay estructuras resueltas con secuencias de ADN homólogas a las suyas.
- Si PDB le da un resultado que tiene un buen valor de E, y la identidad de la secuencia es> 50%, siga adelante y use SWISS-MODEL para predecir la estructura de su secuencia de consulta. Si es entre 30-50% idéntico, entonces tendrá que tener cuidado al interpretar la estructura pronosticada de SWISS-MODEL. Si es inferior al 30% idéntico, lo mejor que puedes hacer con la estructura PDB es que te diga cuáles son los pliegues aproximados de la estructura secundaria con tu secuencia de consulta. Esto es modelado basado en homología / comparativo.
- Si PDB no le da ningún buen resultado, entonces puede utilizar un enfoque de enhebrado de proteínas para modelar su dominio conservado ab initio . Use RMSD para verificar si su estructura predicha tiene alguna posibilidad de existir en la naturaleza. 0 angstroms es perfecto, y 0.6 angstroms es pobre.
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