Cómo formar el mapa de contacto de proteínas a partir de las coordenadas del archivo PDB (Protein Data Bank)

Calcule distancias pairwise entre todos los aminoácidos. El mapa de contacto es una matriz N * N donde se llena una celda (dibuja el gráfico usando un punto o círculo para representar este punto) si la distancia es mayor que un umbral específico.

El artículo de Wikipedia sobre el mapa de contacto tiene buena información sobre esto. [1]

[1]: Mapa de contacto de proteínas – Wikipedia