Las proteínas nativas y desnaturalizadas tienen una velocidad de migración diferente en el mismo gel.
Una de las razones importantes para desnaturalizar el gel es garantizar que todas las proteínas / ácidos nucleicos en gel determinado migren estrictamente en función de su tamaño teniendo una relación de carga a masa común (por ejemplo, unión de SDS para proporcionar una carga uniformemente negativa sobre la proteína).
Los geles (tanto poliacrilamida como agarosa) tienen una matriz densa de polímeros con poros (huecos) en el medio. Estos son los poros a través de los cuales pasan los polímeros. Dado que la relación carga / masa es la misma para todos los polipéptidos, su aceleración obtenida por el campo eléctrico es la misma. Sin embargo, cuando están en conformación lineal impulsada por fuerzas eléctricas, obtienen resistencia del empaquetamiento de estos poros. Cuanto más denso sea el empaque, mayor será la resistencia ofrecida. Los polímeros más pequeños se escapan fácilmente, mientras que los más grandes se enredan más en la matriz y, por lo tanto, tienen dificultades para avanzar. Esta es la razón por la cual el patrón de migración no es lineal y uno siempre debe ejecutar un marcador en un carril separado para obtener una idea adecuada del patrón de migración. En ningún caso, debería uno confiar en los geles anteriores como punto de referencia.
¿Qué banda, nativa y desnaturalizada, migrará más rápido?
La mejor respuesta es que depende de la proteína y su plegamiento. Sin embargo, dado que la mayoría de las proteínas tienen estructuras tridimensionales complejas y tienen formación de multímeros. A menudo pueden encontrar más resistencia que la proteína desnaturalizada y sus bandas pueden aparecer en el rango de mayor tamaño de lo esperado. Pero esto no es obligatorio y puede variar según el caso dependiendo de la proteína y su conformación.
