Hay muchas técnicas de purificación, pero depende de la naturaleza de la impureza de la proteína y de la muestra que intentas purificar. Técnicas como la cromatografía en columna, la electroforesis en gel y otras te ayudarán a sacar cosas de tu muestra que ya no quieres, pero cada una depende de las diferentes propiedades del adulterante y de la muestra en sí. La electroforesis en gel, por ejemplo, discrimina en masa molecular y carga, cromatografía en columna en sitios de unión, etc. etc.
Necesitaría más información sobre la impureza y la naturaleza de la muestra para dar una respuesta exacta, y no es mi especialidad, pero sé sobre las técnicas.