¿Hay algún beneficio nutricional (en el nivel de metabolismo de proteínas / grasas) en los alimentos cocidos / calentados, o es puramente por control del gusto y microbianos?

Cocinar la mayoría de los alimentos no cambia mucho su contenido nutricional. Lo que hace, sin embargo, es hacer que sea posible comerlos. Alguna vez trataste de comer, digamos, una papa cruda? Granos de trigo sin procesar? Una bellota cruda? Al menos teóricamente es posible alimentar a través de una serie de alimentos crudos, pero es mucho trabajo masticarlos y, a la larga, endurecer los dientes. El contenido nutricional de algo que no comerá porque es demasiado trabajo es efectivamente cero, por lo que el beneficio nutricional de la cocina es, esencialmente, dejarlo comer en primer lugar.

Cocinar hace que haya más nutrientes disponibles para nuestros cuerpos. Es una forma de pre-digestión, y es por eso que no tenemos que pasar 8 horas al día masticando nuestros alimentos como lo hacen algunos de nuestros primos simios. Es probablemente nuestra mayor ventaja evolutiva. Somos la única especie que cocina.

Conozco personalmente un beneficio (aunque no sé si es del tipo sobre el que preguntas). Hay muchas frutas a las que soy mortalmente alérgico cuando están crudas, pero puedo comer sin problemas cuando están cocidas.