Tiene que ver con las posiciones relativas. De la Wiki,
Se distingue entre enlaces glicosídicos α y β basados en la estereoquímica relativa (R o S) de la posición anomérica y el estereocentro más alejado de C1 en el sacárido. [2] Se forma un enlace α-glicosídico cuando ambos carbonos tienen la misma estereoquímica, mientras que un enlace β-glicosídico se produce cuando los dos carbonos tienen diferente estereoquímica.
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