Las manchas marrones son probablemente el resultado de manchas bacterianas en las hojas, que se produce mientras crece el repollo (en este caso, las coles de Bruselas).
Quitaría las capas externas de las hojas y, si se ve bien debajo, cocinaría junto con el resto de ellas. Confía en tus ojos, nariz y lengua. En caso de duda, a la basura.