Antes de ver qué cursos necesita, es útil observar las diversas divisiones de la biología computacional:
- Campos que simulan la física subyacente del sistema
- Al nivel de la proteína micro a través de la dinámica molecular (biofísica computacional)
- En el nivel meso subcelular, intentando simular la física de todo el sistema
- A nivel celular, utilizando valores de reacciones determinados experimentalmente a nivel de microproteínas (biología de sistemas)
- Campos que son principalmente predictivos y no intentan representar fielmente la física
- Combina la física con el análisis de las propiedades conocidas de proteínas y células (biología computacional)
- Tratar la biología subyacente principalmente como una abstracción (bioinformática)
Aunque estas divisiones pueden parecer vagas y algo arbitrarias, representan (al menos para mí) diferencias reales en el enfoque. Por ejemplo, ver la respuesta de Jeffrey Brender a la Biología Computacional: ¿Cuáles son las funciones de puntuación basadas en el conocimiento en el plegamiento de proteínas? para la diferencia en el enfoque del mismo problema para las personas en 1a y 2a. También representan una diferencia en el entrenamiento (las disminuciones de la física y la informática y las estadísticas aumentan a medida que avanzas en la lista) Ben Lengerich dio una excelente respuesta para el grupo 2. Mi conjetura para 1a está abajo. Sé poco sobre 1b, sugiero preguntarle a Sai Janani Ganesan. Para 1c (biología de sistemas) hay muchas personas para preguntar. También recomiendo principalmente hacer investigaciones experimentales de pregrado, no computacionales.
Esencial
- Bioquímica / Biología Molecular
- Cálculo a través de Cal multivariable
- Álgebra lineal
- Posibilidad de programar en C y un lenguaje de scripting (perl o python)
- Termodinámica (versión química, no física)
- Mecánica estadística
- Mecánica básica y electrodinámica
- Estadística + teoría de la probabilidad
Muy recomendable
- Técnicas biofísicas experimentales
- Mecánica cuántica (versión química, no física) *
- Biología Celular
- Genética
- Bioinformática / Genómica
- Mecánica Intermedia *
- Electrodinámica Intermedia *
- Matemáticas avanzadas**
- Biología física de la célula
Bueno tener
- Química Orgánica
- Matemáticas discretas***
- Estructuras de Datos + Algoritmos
- Aprendizaje automático
- Ecuaciones diferenciales
- La mayoría de los otros cursos de química y física
- Cualquier cosa fuera de la biología computacional que te parezca interesante.
Despreciable
¿Qué se sabe sobre los límites de la complejidad biológica como consecuencia de la evolución?
¿Se usan variedades para modelar estructuras proteicas?
¿Qué tan bueno es el dicroísmo circular para detectar una estructura secundaria inusual?
- Todo lo demás (incluye topología: a medida que aprendemos más y más sobre la estructura 3D de proteínas y otras biomoléculas, ¿la topología se está volviendo más importante para la biología?)
* Estos cursos se pueden tomar en la escuela de posgrado. Sin embargo, es mucho mejor tomarlos en pregrado, ya que son fundamentales para los cursos posteriores y tendrás más enfoque en los estudios de pregrado y la escuela de posgrado. Los cursos de la escuela de posgrado difieren significativamente en rigor dependiendo del departamento y quizás de la escuela, mucho más que los cursos de pregrado. Los cursos de posgrado de física eran más difíciles que los cursos de licenciatura de física, mientras que a la inversa era cierto para la química. Su millaje puede variar aquí.
** A lo largo de las líneas de este libro:
Métodos Matemáticos para Físicos, Quinta Edición: George B. Arfken, Hans J. Weber, Frank Harris: 9780120598250: Amazon.com: Libros
que normalmente es el sexto curso de matemáticas que se toma después de dos semestres de cálculo variable único, cálculo multivariable, ecuaciones diferenciales y álgebra lineal
*** No parece haber un buen curso aquí para las matemáticas en las que estoy pensando, que cubre la teoría de redes y la teoría de grafos como preparación para un curso como este http://www.ccmb.med.umich.edu/ si … Este tipo de matemáticas es realmente importante en biología computacional, pero soy débil en esta área y no sé qué recomendar. Tal vez alguien más puede ayudar?
