¿Todo el software utilizado en una compañía farmacéutica está regulado por la FDA?

De ningún modo. Microsoft Office no está sujeta a ninguna forma de aprobación por parte de la FDA, y es la columna vertebral de casi todas las compañías farmacéuticas. Además de eso, muchos proveedores producen herramientas de software, desde plantillas de hojas de cálculo hasta complementos, para suites de software empresarial independientes que nunca son vistas por la FDA.

Incluso en el lado clínico, gran parte de los datos clínicos se procesa en las mismas versiones de SAS que todos los demás.

No todo. Depende de la empresa y el software.
Todos los softwares reguladores de Sarjen Systems Offshore Software Developement y la empresa de externalización de TI están regulados.