Sí, los controles internos a veces pueden cambiar con tu tratamiento. Eso apesta. Western Blot tiene este problema intrínsecamente.
La tinción de Ponceau ayuda, pero no es tan precisa.
Lo que realmente quiere es asegurarse de que sus extractos sean de la misma cantidad de células para cada tratamiento. De esta forma, sabrá que está analizando los cambios en la expresión de proteínas por célula, que es lo que realmente le interesa.
O cuantifique imágenes de inmuno fluorescencia, si tiene microscopios, software de análisis y anticuerpos adecuados para esto.