Ningún protocolo único de extracción de proteínas puede capturar el proteoma completo . El método de extracción ideal debe capturar de forma reproducible el repertorio más completo de proteínas posible, al tiempo que se minimiza la degradación y la contaminación por compuestos no proteináceos. Dadas las diversas propiedades bioquímicas de las proteínas celulares , que incluyen su carga, tamaño, hidrofobicidad, susceptibilidad a la proteólisis, interacciones ligando y localización subcelular. Las poblaciones proteicas integrales, no contaminadas y representativas son notoriamente difíciles de extraer … [1]
Debido a que hay muchos factores que pueden decidir las proteínas que cosecha, para mantener el enfoque, a continuación analizaré únicamente el efecto de diferentes solventes de extracción sobre la cantidad de proteínas obtenidas. El siguiente caso tiene como objetivo identificar el proteoma del tejido hepático. Se han aplicado tres solventes de extracción: metanol al 70%, metanol al 50% y bicarbonato de amonio. Y como puede observar en la imagen siguiente [2], la cantidad de proteínas extraídas y detectadas es diferente. De acuerdo con la naturaleza hidrofóbica o hidrofílica de la proteína, mostrarían diferente eficacia de extracción en estos tres disolventes. Las proteínas de membrana, por ejemplo, debido a su alta hidrofobicidad, probablemente se extraerían en metanol al 50% en este caso. 
Debido a las limitaciones sistemáticas de usar solo un solvente de extracción para extraer proteínas, una solución para obtener una población más representativa de proteínas es aplicar diferentes composiciones de cócteles de extracción o métodos de extracción, como se indica en [2].
Referencias
[1] Técnicas de extracción de muestras para un análisis proteómico mejorado de tejidos vegetales.
[2] Identificación de proteínas de arriba hacia abajo y de abajo hacia arriba por espectrometría de masas de análisis de superficie de extracción líquida de tejido hepático humano sano y enfermo.
