Los geles desnaturalizantes de poliacrilamida (en otras palabras, geles que despliegan proteínas y las obligan a permanecer desplegadas a medida que migran) separan las proteínas en función de la masa, no de la carga. Esto se debe a que el principal desnaturalizante, el dodecil sulfato de sodio o SDS, tiene una carga negativa. Existe una fuerte relación lineal entre la cantidad de proteína y la cantidad de moléculas de SDS asociadas a ella, por lo que la relación masa a carga de la mayoría de las proteínas en un gel de SDS-PAGE es la misma. Esto significa que todas las proteínas (con una buena aproximación) se moverían a la misma velocidad si el gel fuera uniforme a escala molecular. Sin embargo, dado que los geles SDS-PAGE son esencialmente una matriz heterogénea de polímeros que rodean espacios vacíos de diferentes tamaños, las proteínas tienen que atravesar una “carrera de obstáculos” de dificultad variable en función de su tamaño. Las proteínas pequeñas encontrarán más poros que pueden atravesar sin problemas (y migrarán más rápido), mientras que las proteínas grandes serán bloqueadas por la poliacrilamida con más frecuencia (y migrarán más lentamente).
Native PAGE se basa en la carga neta de una molécula de proteína completa para tirar (o empujar) a través del gel. Puede manipular la carga neta de todas las proteínas en una muestra cambiando el pH del gel; el pH ácido aumentará la carga neta de proteínas, el pH básico lo disminuirá.
