La alergia al gluten o intolerancia al gluten no funciona por el mismo mecanismo que las alergias habituales que responden a los antihistamínicos.
La intolerancia al gluten (enteropatía sensible al gluten, enfermedad celíaca) está mediada por trasglutaminasa, gliadina o anticuerpos antiendomisiales. En la biopsia se ve un infiltrado de linfocitos y el aplanamiento de las vellosidades del intestino delgado. Existen tratamientos para otras condiciones inflamatorias mediadas por anticuerpos o linfocitos, pero en el caso de la enfermedad celíaca, lo único que se necesita para poner la enfermedad en remisión es detener el consumo de gluten. Resolución completa de los síntomas y signos de la enfermedad, siempre que no haya más contacto con el gluten. Ese es el tratamiento.
Existe otra entidad que tiene que ver con el gluten: la sensibilidad al gluten, que no es lo mismo que la enfermedad celíaca / enteropatía sensible al gluten. Este trastorno aún no se ha caracterizado por completo, pero el tratamiento también es evitar el gluten. Algunos casos de síndrome de intestino irritable se han resuelto con la evitación del gluten.