Las enzimas tienden a tener un pH que las mantiene óptimamente felices, y eso varía para cada enzima. Cuando se cambia el pH de una solución, puede tener varios efectos sobre la estructura y la actividad de las enzimas.
Específicamente, el pH puede tener un efecto sobre el estado de ionización (la ionización es el proceso por el cual un átomo o una molécula adquiere una carga negativa o positiva al ganar o perder electrones para formar iones) de aminoácidos ácidos o básicos. Si el estado de ionización de un aminoácido en una proteína se altera, entonces los enlaces iónicos que ayudan a darles su forma tridimensional también se alteran, lo que podría resultar en que la enzima se vuelva inactiva.
Los cambios en el pH también tienden a cambiar el sustrato al cambiar su forma o propiedades de carga, lo que da como resultado que el sustrato no pueda unirse al sitio activo o que no pueda someterse a catálisis.