Estoy razonablemente seguro de que cuando las calorías se calculan para algo como un aguacate, melocotón o similar, la semilla no está incluida, porque normalmente no se comen. Lo mismo ocurre con la cáscara de naranjas, plátanos y otras frutas peladas.
En el caso de una manzana, es muy probable que se incluya la cáscara porque normalmente se come: las semillas, que como, son insignificantes en términos de peso y calorías. Ya sea que estén incluidos o no, no importaría.