¿La proteína se encuentra en la carne que después de la cocción puede no ser proteína, se metaboliza a proteína?

Cocinar no puede convertir la proteína en “no proteína”. Por definición, las proteínas son cadenas de aminoácidos; generalmente se simbolizan como un átomo de carbono con un grupo ácido unido (COOH), un grupo amino (NH2), un hidrógeno y una cadena lateral característica, generalmente denominada “R”. El grupo R puede variar mucho y afecta la función de ese aminoácido. Hay aproximadamente 20 aminoácidos comunes en la mayoría de las proteínas. La cantidad de aminoácidos en cualquier cadena de proteínas puede ser de miles a cientos de miles.
Aunque cada proteína es una cadena larga de aminoácidos, estas cadenas pueden enrollarse o plegarse en moléculas más complejas que se envuelven a sí mismas u otras cadenas de proteínas o alinearse una al lado de la otra para formar largas láminas de proteínas.
Cuando se cocinan proteínas, por lo general no se separan, pero pueden cambiar de forma (usualmente llamamos desnaturalización) cuando una proteína cambia de su estado natural común a un estado diferente. El ejemplo más común y fácil de esto es cocinar una clara de huevo. Las claras de huevo son casi 100% proteínas y cuando están crudas son más o menos claras y más o menos líquidas. Pero a medida que cocinan se vuelven opacos y blancos y se vuelven sólidos. Todavía son proteínas, cocidas o crudas. No hay un cambio real en su composición química, pero han cambiado físicamente al calentarse.
Lo único que producirá proteínas y no proteínas es algún tipo de hidrólisis, química o enzimática, que descompone las largas cadenas de aminoácidos en cadenas mucho más cortas, aminoácidos individuales o las moléculas individuales C, N, O y H. Básicamente esto es lo que haces cuando digieres y metabolizas proteínas. Entonces, aunque la premisa de su pregunta es un poco equivocada, técnicamente la respuesta es sí, las proteínas cocidas se metabolizan como proteínas (porque todavía son proteínas).