En general, no.
Cuando el grano, los frijoles y las nueces se muelen en harina, es un proceso mecánico, no químico. Es lo mismo, solo cortado en trozos más pequeños. Y dado que los nutrientes son productos químicos, no estructuras físicas a escala macro, no han cambiado. La única excepción potencial es cualquier preproceso que pueda eliminar físicamente los componentes de las materias primas. Por ejemplo, si las almendras utilizadas para hacer su harina de almendra se pelan primero, el contenido de fibra será menor que las almendras sin piel.
(No son ninguno de ellos “más saludables” que el trigo. No hay alimentos más o menos saludables que otros. Su dieta en general es saludable o no. Preste atención a los nutrientes totales y ajuste los ingredientes individuales según sea necesario).