¿Por qué la proteína es el único macronutriente (grasa, proteína e hidratos de carbono) que no comienza a descomponerse a través de la enzima en la boca?

Su pregunta debería ser: ¿por qué los hidratos de carbono son los únicos macroanutrientes que se digieren de la boca?

La mayor parte de la digestión de los lípidos (más del 90%) ocurre en el intestino delgado. Los lípidos son gordos y son en su mayoría hidrofóbicos. En el ambiente acuoso presente en la boca y el estómago, los lípidos permanecerían como trozos y no podrían digerirse. En el intestino, las sales biliares de la hiel emulsificarían la grasa en gotitas diminutas facilitando la digestión de la grasa.

La mayoría de las proteínas son establemente a pH neutro requiere pH bajo para desnaturalizar. (Consulte la respuesta de Brian Farley aquí para una explicación)

Entonces, como puede ver, la digestión de las grasas y las proteínas no puede comenzar por la boca, ya que los lípidos requieren un ambiente oleoso. Si bien la digestión de las proteínas requiere un pH muy bajo, lo cual no es posible fuera del estómago. Las paredes del estómago están protegidas por mucosa. Pero la mucosidad en la boca y el esófago afectaría la respiración.
Las ADNasas y la RNasa son secretadas por el páncreas y la digestión de los ácidos nucleicos no ocurre por la boca. No tengo una explicación adecuada para esto. Pero podría ser que no sean muy importantes (hay poco ADN o ARN en los alimentos) para ser digeridos directamente desde la boca.

Si bien no estoy del todo seguro de que la afirmación en esta pregunta sea cierta, una posible razón de que sea al menos plausible es que las proteínas requieren condiciones mucho más duras para descomponerse que las grasas o los carbohidratos. Las proteínas son largas cadenas de aminoácidos que se pliegan en estructuras tridimensionales realmente complejas. Cuando esto sucede, parte de la cadena está en el exterior de la proteína, mientras que la mayor parte está enterrada en el interior. El tipo de enlace que conecta todos los enlaces (aminoácidos) en una cadena de proteínas se llama un enlace peptídico, y estos deben romperse para que una proteína sea digerida. Otras enzimas proteicas, llamadas peptidasas, son las que catalizan esta reacción.

Para que un enlace peptídico se rompa con una peptidasa, tiene que caber dentro de la peptidasa; aquí es donde la estructura plegada de una proteína presenta un problema para descomponerla. La solución que la mayoría de los animales ha desarrollado es tener un entorno químico increíblemente duro para que los alimentos se empapen (en los mamíferos, este es el ambiente fuertemente ácido de nuestros estómagos). Este ambiente desestabiliza las proteínas que comemos, lo que hace que se desarrollen y expone sus enlaces peptídicos, lo que les permite ser digeridos.

El ácido no solo desestabiliza las proteínas que comemos, sino que también es un disruptor promiscuo de la estructura de las proteínas. Si nuestra saliva tuviera la misma alta acidez que tenían nuestros fluidos estomacales, estaríamos constantemente dañando todos esos tejidos. Entonces, (esto es solo una teoría), las proteínas no se digieren en la saliva porque nuestras bocas no están equipadas para manejar las condiciones altamente ácidas requeridas para digerir las proteínas de la dieta.