Asumiendo que es un escenario hipotético y que esos valores deben tomarse literalmente, lo que haría es mantener esa comida y comer solo una vez que haya reunido suficiente para formar una única comida nutricionalmente completa.
Tener una sola comida de 2000 kcal y 40 gr de proteína cada dos días es mucho más anticatabólico que dividirlo en varias comidas insuficientes. Simplemente googlee los efectos del ayuno versus el comer muy poco: el ayuno aumenta la producción de la hormona del crecimiento humano, que es una adaptación evolutiva lógica para soportar largos períodos de escasez de alimentos. Si no fuera por esos mecanismos, después de unos días de no comer habríamos perdido una gran cantidad de músculo mientras mantenemos intacta la mayor parte de nuestra grasa corporal y estaríamos extintos si ese fuera el caso.
Al tener la mayor parte de su cuerpo funcionando con betahidroxibutirato (que ocurre después de varias horas de ayuno), el requerimiento de glucosa se reduce drásticamente y la HGH protege el tejido muscular de modo que la proteína requerida para mantener el azúcar en la sangre y la reparación de células provenga que el músculo
Por otro lado, tener al menos una pequeña cantidad de glucógeno en el hígado e insulina aumentando con frecuencia detendrá todos los procesos relacionados con la preservación de la masa muscular.
Entonces, aunque dicha situación inevitablemente tendrá un impacto en la salud y la masa muscular, comer una comida decente cada dos días ayudaría a minimizar esos efectos por un amplio margen.