Además de los efectos en el clima, hay algunas desventajas para el estiércol.
El estiércol aumenta las posibilidades de transmisión de enfermedades infecciosas como E. coli.
Alguna evidencia dice que el estiércol incluso de las vacas normales promueve la resistencia a los antibióticos
Fertilizante de abono aumenta la resistencia a los antibióticos
Para la escorrentía agrícola que contamina los suministros de agua, es controvertido cuál es peor.
En cuanto al rendimiento, la mayoría de la evidencia dice que el rendimiento agrícola en la mayoría de las situaciones es menor por unidad de área de tierra agrícola con estiércol, como se vio en la historia. Aunque algunas personas lo niegan. Lo que es menos controvertido es que la cantidad de estiércol necesaria si de repente dejó de usar fertilizantes es poco probable que se cumpla sin un gran aumento en el número de animales de granja.
