Las calorías son una medida de energía. Literalmente, se puede aplicar a otras cosas como el calor o las reacciones químicas o la energía que se necesita para arrojar una pelota. Las calorías de los alimentos son simplemente la cantidad de energía que su cuerpo puede extraer de los alimentos. Cuando haces algo como correr, tienes que conseguir que la energía agote las moléculas de tu comida.
Entonces, para simplificar, digamos que tienes azúcar. Y, por azúcar, voy a ir específicamente con glucosa (el azúcar del jarabe de maíz). La glucosa es C6H12O6 y está compuesta de carbono, hidrógeno y oxígeno. Cuando necesite convertir la energía química almacenada (calorías) en glucosa en energía mecánica para el ejercicio, la glucosa se convierte en dióxido de carbono y agua. Ambos son excretados por la respiración (exhalamos aire húmedo). Entonces, las moléculas en bruto están literalmente perdidas de nuestros cuerpos. Las grasas funcionan de la misma manera que también son carbono, hidrógeno y oxígeno y en última instancia se dividen en dióxido de carbono y agua.
Las moléculas exactas que se queman no son necesariamente las que más recientemente consumió. Sin embargo, esas son las moléculas que tienen más probabilidades de estar circulando en el torrente sanguíneo, por lo que están más disponibles para que las células, como los músculos, las usen. Una vez que las moléculas se almacenan como algo parecido a la grasa, no creo que haya ninguna forma para que nuestras células, tejidos y órganos distingan cuánto tiempo ha estado esa molécula en nuestro cuerpo.