Otras representaciones visuales de moléculas incluyen:
- Líneas
- Palos
- Esferas
- Superficie / Malla / Puntos
- Cinta / Dibujos animados
Estos se resumen en la captura de pantalla de PyMOL a continuación:
Cada visualización tiene sus pros y sus contras, que generalmente se centran en encontrar un equilibrio entre identificar fácilmente la estructura / función y ser fieles a la física subyacente.
La superficie / malla usualmente representa algún umbral basado en la distancia que es una aproximación aproximada de la nube de electrones, o el alcance de las interacciones de la molécula. Sin embargo, la superficie generalmente oscurece la estructura interna de las moléculas.
Una representación de un palo no muestra la extensión de las nubes de electrones, pero es más transparente (para que pueda ver la estructura interna), y también se pueden ver más claramente los ángulos de enlace.
Una cinta / caricatura abstrae los átomos para que solo se muestre la estructura a gran escala con énfasis específico en los grupos funcionales (por ejemplo, los átomos con representaciones de barras en la imagen publicada en la pregunta). En proteínas, estas estructuras a gran escala podrían incluir Alpha Helices o Beta Sheets, que definen la estructura secundaria de la proteína.
Aquí hay una comparación de alta calidad entre una cinta y la visualización en malla de una proteína grande: (a partir de la unión de @Cap y la evasión inmune revelada por la estructura de nucleoproteína de Lassa: Nature: Nature Publishing Group)
¿Qué tipos de aminoácidos se pueden encontrar en la hemoglobina?
¿Cuáles son algunos ejemplos de las funciones de las proteínas?
La visualización de la cinta es claramente superior en la comprensión de la función / estructura de esta proteína, mientras que la malla es más precisa físicamente, y también muestra información de la densidad de carga (el rojo y el azul representan regiones con carga positiva y negativa)
